故事講述了主人公——普通的高中二年生——五河士道在四月十日，隨著一場奇怪的大爆炸，一名身穿盔甲 手持大劍的神祕少女齣現在了他的麵前。這名少女的正體是“精靈”，是會給世界帶來災難的存在，而這名少女也正遭到精靈對抗部隊（通稱AST）的攻擊。於是，有著會去帮助有睏難、悲傷的人的溫柔性格的士道，主動提齣要與精靈進行交涉的任務。隨後，士道髮現了自己擁有的特殊體質！那就是通過接吻，來吸收並封印精靈的力量，並且將精靈受到緻命傷恢複再生的能力。
