邁克爾-斯科菲爾德正陷於無望的困境中——他的哥哥林肯-巴羅斯被認定犯有謀殺罪被投入了Fox River監獄的死囚牢。雖然所有的證據都指出林肯就是兇手，邁克爾堅信兄長是無辜的。林肯的死刑執行日越來越逼近，在沒有其他選擇的情況下，邁克爾持槍闖入了一家銀行，被捕入獄後來到了林肯的身邊。身為建築工程師的邁克爾參與了監獄的改造工程而對這裏了若指掌，他設計了完整的越獄計畫，入獄的唯一目的就是要把林肯救出生天並還其清白。
林肯的昔日女友維羅妮卡-多諾萬是謀殺案的辯方律師，她相信林肯是被陷害的。在繼續調查的過程中，維羅妮卡發現這遠不是一樁單純的謀殺案，被害人之死牽扯了許多大人物的利益——副總統的身影漸漸從幕後顯現。而隨著調查的深入，危險也在迫近維羅妮卡，證人相繼神秘被殺，林肯的家人也遭遇不幸，而追殺維羅妮卡的神秘人物，竟然是聯邦調查局的秘密探員。
與此同時，邁克爾在獄中艱難地準備著越獄計畫，意想不到的人和事接連出現在通向自由的道路上。
